In Deutschland besteht ein Risiko für eine FSME-Infektion vor allem in Bayern und Baden-Württemberg, in Südhessen, im südöstlichen Thüringen, in Sachsen und seit 2022 auch im südöstlichen Brandenburg. Einzelne Risikogebiete befinden sich zudem in Mittelhessen (Landkreis [LK] Marburg-Biedenkopf), im Saarland (LK Saarpfalz-Kreis), in Rheinland-Pfalz (LK Birkenfeld), in Niedersachsen (LK Emsland) und in Nordrhein-Westfalen (Stadtkreis [SK] Solingen). Nun kommen zwei neue Risikogebiete hinzu, die beide an bekannte Risikogebiete grenzen. In Brandenburg kommt ein viertes Risikogebiet, SK Frankfurt (Oder), hinzu. In Thüringen kommt das Risikogebiet LK Altenburger Land hinzu. Somit sind aktuell 180 Kreise als FSME-Risikogebiete ausgewiesen. Es wurden auch in Bundesländern ohne FSME-Risikogebiete vereinzelt FSME-Erkrankungen beobachtet, sodass besonders während der Zeckensaison bei entsprechender Symptomatik überall in Deutschland differenzialdiagnostisch an FSME gedacht werden sollte.
Die STIKO empfiehlt eine FSME-Impfung für Personen, die in FSME-Risikogebieten zeckenexponiert sind. Die Mehrzahl (99%) der 2023 übermittelten FSME-Erkrankten war gar nicht oder unzureichend geimpft, d.h. die Grundimmunisierung war unvollständig oder Auffrischimpfungen fehlten. Ein hoher Anteil der auftretenden FSME-Erkrankungen könnte wahrscheinlich durch eine Steigerung der Impfquoten insbesondere in Risikogebieten mit hoher FSME-Inzidenz verhindert werden.